Лично я использую System Commander, для управления загрузкой операционнок. Тоесть когда устанавливаю Linux, то его загрузчик устанавливаю на партицию линукса. А дальше просто добаляю в System Commander. За два года у меня никаких проблем небыло (я имею введу System Commander), а если с лило проблемы, и если не удавалось востановить загрузку линухи, то это только она и не грузиться, с виндой все в порядке.